Die grossen Fortschritte in der Medizin zu Beginn des 19. Jahrhunderts bedingten grössere Anschaffungen moderner Technologien. Da die Stiftung alleine dafür nicht mehr aufkommen konnte, trug der Kanton Bern während vielen Jahren den grössten Teil der Betriebskosten. Mangels eigener Klinken zog der Kanton das Jenner-Spital an der Freiburgstrasse mehr und mehr als Lehranstalt und Forschungsinstitut für Kinderkrankheiten heran.

1982 entschloss sich der Stiftungsrat des damaligen Jennerspitals gemeinsam mit der Stadt Bern und der Direktion des Burgerspitals, das Jenner-Spital samt Inventar dem Kanton Bern zu verkaufen. Mit dem Verkaufserlös konnte sich die Stiftung neu organisieren und entwickelte sich zu der Jenner-Stiftung, die wir heute kennen. Der Sinn der Stiftung und somit auch der Wille von Julie von Jenner, kranken Kindern zu helfen, blieb bestehen.

Es folgte die Integration des Jenner-Kinderspitals in das Inselspital, welches es seither auch betreibt. Das alte Spitalgebäude wurde bis 1978 als Kinderklinik und dann während 20 Jahren für unterschiedliche Zwecke genutzt. 1998 erfolgte der Abriss des Gebäudes. An seiner Stelle steht nun die neue Frauenklinik, die 2002 den Betrieb aufgenommen hat.